La estructura organizacional de UNESCPA, tiene el firme propósito de responder a la necesidad de adaptación Y flexibilidad de su comunidad educativa, entorno y de la sociedad panameña.

La universidad está dirigida por su rectora en colaboración estrecha con el decano general en la parte académica y administrativa. Adicionalmente, es apoyada por directores, en las áreas vitales como registro académico, investigación, extensión y calidad.

Por otra parte, como se observa en el organigrama, están las áreas de apoyo a la docencia como lo son, la biblioteca, el laboratorio de cómputo, admisión/mercadeo y por supuesto el equipo administrativo.

El diseño organizacional, contribuye a que las personas en UNESCPA, puedan desempeñar su potencial en los departamentos y áreas donde presentan mayor interés y capacidad. También favorece su desarrollo hacia mayores responsabilidades, fomentando la adquisición de nuevas competencias, como parte de un crecimiento natural, durante su curva de aprendizaje y experiencia dentro de la institución.